最近都没有更新，来跟大家分享一篇披着单细胞外衣的水文。/doge.jpg
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Abstract食管鳞状细胞癌(ESCC)是世界范围内最常见的癌症之一。ESCC的预后一般较差，缺乏可用于诊断和预后的生物标志物。本研究的目的是确定食管鳞癌的新生物标志物。我们筛选了从6个基因表达总集(GEO)ESCC数据集和癌症基因组图谱(TCGA)ESCC数据集获得的重叠差异表达基因(DEG)。随后，进行蛋白质-蛋白质相互作用网络分析，以确定关键的HUB基因。然后利用KaplanMeier生存和受试者工作曲线(ROC)分析来阐明这些HUB基因的诊断和预后作用。利用UALCAN数据库、单细胞RNA测序(scRNA-seq)和实时荧光定量PCR(QPCR)等方法验证HUB基因的表达水平。最后进行免疫浸润分析，探讨这些基因在食管鳞癌发病机制中的作用。结果表明，PBK、KIF2C、NUF2、KIF20A、RAD51AP1和DEPDC1能有效区分食管鳞癌组织和正常组织，且与总生存率显著相关。ScRNA-seq和qPCR结果表明，食管癌HUB基因的表达水平明显高于正常细胞或正常组织。进一步的免疫浸润分析显示，树突状细胞的浸润与PBK、KIF2C、NUF2、RAD51AP1和DEPDC1的表达水平呈显著负相关。综上所述，PBK、KIF2C、NUF2、KIF20A、RAD51AP1和DEPDC1都可能是ESCC诊断和预后的潜在生物标志物，也可能成为ESCC潜在的治疗靶点。
Introduction食道癌是年全球第七大常见癌症和第六大癌症死亡原因，每年约有,例新病例和,人死亡[1]。食管鳞状细胞癌(ESCC)是食管癌的主要亚型，占亚洲部分地区食管癌病例的90%以上[2]。由于缺乏有效的生物标志物，许多食管鳞癌患者被诊断为晚期，而且通常在这个阶段已经发生远处转移，导致预后不良。目前尚无有效的治疗策略，加之缺乏有效的诊断和预后生物标志物，ESCC患者的5年生存率不到30%[2]。此外，晚期食管鳞癌患者总是遭受巨大的疼痛，如进食和呼吸困难，这通常是难以治疗的。因此，迫切需要寻找更有效的食管癌生物标志物，以提高诊断和治疗效率，甚至提高我们对食管癌发病机制的认识。
在本研究中，我们结合6个GEO微阵列数据集，在至少两个不同的ESCC数据集中筛选DEG，并进一步结合TCGAESCC数据集，筛选与ESCC诊断和预后相关的可能的生物标志物。我们发现PBK、KIF2C、NUF2、KIF20A、RAD51AP1、DEPDC1可能是ESCC的诊断和预后生物标志物。然后，通过UALCAN数据库、scRNA-seq和qPCR验证所鉴定基因的表达水平。此外，我们还进行了免疫渗透分析，以更好地了解这些基因的功能。本研究可为食管鳞癌的诊断和预后提供新的生物标志物，并为食管鳞癌的治疗提供潜在的靶点。
这种东西感觉写文章了能随便复制一下。就这样。Introduction部分我就不再写了。感兴趣的可以看原文。
MaterialsandMethodsDatacollection#废话少说!让我们先来看看作者的筛选流程,如上图所示.(我在这里简单总结,为以后的复现留下一些总结信息)GEO:primarytumortissuesmatchednormaltissuesGSE,GSE,GSE,GSE,GSE,GSE#来自GEO的六个数据集#作者的筛选标准为logFC=2;q0.05#右侧的TCGA数据#TCGA-ESCCsampleswithRNA-seqdataandmatchedclinicalmetadata(including11normaland78tumorsamples)Ethicsapprovalandconsenttoparticipate
#道德核准和同意参与;反正我不信医院伦理委员会批准了这项研究，并书面知情同意所有参与者使用临床标本。对6例未经任何治疗而行手术切除的食管鳞癌患者进行了qPCR检测。近端切除切缘(距食管鳞癌标本5cm)的配对非肿瘤组织也被收集用于RNA提取和qPCR检测。表3列出了这些参与者的详细临床参数。
进行了6例QPCR验证
OverlappingDEGanalysisAP‐value0.05and
FC
2#筛选标准